圣经中有两个人名叫约翰：施洗约翰向世人预告了耶稣的到来，使徒约翰则写下了福音书、使徒书信和启示录。在他记录的福音书中，约翰提到了好几个门徒的名字：彼得、安得烈、腓力、多马、犹大；他却始终没有提及自己的名字，每次都用“耶稣所爱的门徒”替代。他清楚地知道主耶稣对他的爱，这成了使徒约翰的特征，他五次这样称呼自己。

在耶稣与十二门徒最后一次共进晚餐时，“耶稣所爱的门徒”坐在主的身边，充分体现了他与主的亲密关系。可是耶稣突然说：“你们中间有一个人要卖我了。”（约翰福音13：21）门徒大为吃惊，面面相觑……就连十二门徒为首的彼得也不敢询问主耶稣，而是暗示此刻正靠着耶稣胸膛的约翰发问：“主啊，是谁呢？”于是耶稣透露，犹大就是出卖他的人。而犹大很快就离席出去了，那时已经是夜间了。

在主耶稣的十字架下，站着他的母亲马利亚、其他妇女和唯一的门徒——“他所爱的门徒”。主耶稣被钉的十字架旁，他一言不发，站在马利亚身边。他和马利亚一同听到了耶稣的叮咛。主对马利亚说起约翰：“看，你的儿子！”又对约翰说：“看，你的母亲！”耶稣被钉十架后，依然牵挂着他的母亲。从此，约翰就接她到自己家里去了。