星期天一早，耶稣受难后第三天，抹大拉的马利亚来对彼得和“耶稣所爱的门徒”说，主的坟墓是空的。他们立刻跑到坟墓那里。约翰跑得比彼得更快，先到了坟墓。他清楚地看到包裹主身体的细麻布还放在那里，却不敢走近。彼得随后也到了，进坟墓里去。于是约翰也跟他进去，发现坟墓空空如也：那一刻，他就相信主耶稣已经复活了：“看见就信了。”（约翰福音20：8）

几天后，有几位门徒重操旧业去海上捕鱼。他们忙了一整夜却一无所获，清晨，从死里复活的主耶稣向他们显现，他们却没有认出主：他告诉门徒该向哪里撒网。约翰当即明白那人是主耶稣，于是对彼得说：“是主！”彼得听后立即跳进水里，为的是立刻到主那里去。

在岸上，耶稣邀请门徒一起用餐。饭后，耶稣向西门彼得交代了一个新的使命，嘱托他牧养信徒，并对他说：“你跟从我吧”（约翰福音21：19）。彼得转过身，却看见“耶稣所爱的门徒”跟着主。于是彼得问：“主啊，这人将来如何？”主回答说：“我若要他等到我来的时候，与你何干？你跟从我吧！”

约翰年迈的时候，为神的道被放逐到拔摩岛上，在那里写下了圣经里的最后一卷书——启示录。（启示录1：9）